Kim ngạch xuất nhập khẩu giữa 2 nước Việt Nam – Nhật Bản trong năm 2012 đạt 27 tỷ USD, tăng gần 50% so với 2008. 9 tháng năm 2013, thương mại giữa 2 nước đạt 18,31tỷ USD. Trong đó xuất khẩu sang Nhật đạt 9,87 tỷ USD và nhập khẩu hàng hóa từ Nhật trị giá 8,45tỷ USD. Như vậy xuất siêu của Việt Nam sang Nhật đạt 1,42 tỷ USD.
Cũng theo Trung tâm Thông tin Thương mại và Công nghiệp, hàng hóa của Việt Nam xuất sang Nhật rất đa dạng, phong phú, nhiều nhóm hàng đạt kim ngạch từ 100 triệu USD trở lên. Trong đó có 3 nhóm hàng dẫn đầu về kim ngạch với mức trên tỷ USD đó là: hàng dệt may 1,74 tỷ USD, chiếm 17,66% tổng kim ngạch, tăng 20,21% so với cùng kỳ năm ngoái; dầu thô 1,51 tỷ USD, chiếm 15,31%, giảm 21,56%; Phương tiện vận tải phụ tùng 1,35 tỷ USD, chiếm 13,63%, tăng 7,57%.
Nhìn chung các nhóm hàng xuất khẩu sang Nhật 9 tháng đầu qua đều có mức tăng trưởng dương về kim ngạch so với cùng kỳ năm trước, một số nhóm có mức tăng mạnh như: Hoá chất (+55,17%), Xơ sợi dệt các loại (+39,46%), Túi xách, ví, va li, mũ ô dù (+33,13%), Hạt tiêu (+29,43%).
Tuy nhiên, kim ngạch xuất khẩu nhóm hàng xăng dầu lại sụt giảm rất mạnh, giảm tới 99,85% so với cùng kỳ (chỉ đạt 47.900USD), Điện thoại các loại và linh kiện giảm 84,83%, Máy ảnh, máy quay phim và linh kiện (-54,85%), Sắn và sản phẩm từ sắn (-42,83%).
Bên cạnh là đối tác thương mại lớn, Nhận Bản còn là nhà đầu tư lớn nhất tại Việt Nam với 2.047 dự án còn hiệu lực và tổng vốn đầu tư đăng ký đạt 33,4 tỷ USD tính đến 20/9/2013.
Ngoài ra, Nhật còn là quốc gia cung cấp vốn ODA lớn nhất cho Việt Nam, chiếm khoảng 30% tổng cam kết ODA của cộng đồng quốc tế dành cho Việt Nam.