Mặc dù kim ngạch thương giữa 2 nước năm 2013 đã tăng 36% so với năm 2012, song quan hệ hợp tác kinh tế vẫn chưa phát triển. Năm 2013, kim ngạch mậu dịch hai bên chỉ dạt khoảng 5,1 triệu USD, chưa thực sự xứng tầm với quan hệ chính trị cũng như tiềm năng và mong muốn hai nước.
Mặt hàng xuất khẩu chính của VN sang Moldova vẫn là thủy sản, còn mặt hàng nhập khẩu chủ yếu của VN từ Moldova là dược phẩm.