Về vấn đề này, Tổng cục Hải quan cho rằng, căn cứ vào khoản 4, Điều 10 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 01/9/2016 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật thuế XK, thuế NK thì trường hợp phế liệu, phế phẩm và nguyên liệu, vật tư dư thừa của hợp đồng gia công vượt quá 3% thì người nộp thuế phải kê khai, nộp thuế NK đối với phần vượt, thuế GTGT, thuế Tiêu thụ đặc biệt, thuế Bảo vệ môi trường (nếu có) cho cơ quan Hải quan.
Trường hợp phế liệu, phế phẩm và nguyên liệu, vật tư dư thừa đã NK để gia công không quá 3% tổng lượng của từng nguyên liệu, vật tư thực NK theo hợp đồng gia công được miễn thuế NK khi tiêu thụ nội địa, nhưng phải kê khai nộp thuế Giá trị gia tăng, thuế Tiêu thụ đặc biệt, thuế Bảo vệ môi trường (nếu có) cho cơ quan Hải quan theo quy định. Trường hợp vượt quá 3% người nộp thuế phải kê khai, nộp thuế NK đối với phần vượt, thuế GTGT, thuế Tiêu thụ đặc biệt, thuế Bảo vệ môi trường (nếu có) cho cơ quan Hải quan.
Trước đó, ngày 3/8/2017, VASEP đã gửi Công văn số 108/2017/CV-VASEP tới Tổng cục Hải quan kiến nghị tổng cục rà soát và có văn bản đề nghị Bộ Tài chính hướng dẫn chi tiết Khoản 4 Điều 10 Nghị định 134 về "Miễn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để gia công, sản phẩm gia công xuất khẩu” cho phù hợp với thực tế, theo đó tỷ lệ 3% nguyên liệu, vật tư dư thừa (đã nhập khẩu để gia công) để được miễn thuế không bao gồm phế liệu, phế phẩm.
Tuy nhiên, trong thực tế, đối với ngành thủy sản, khi nhập nguyên liệu thủy sản về để chế biến thì lượng phế liệu, phế phẩm luôn luôn chiếm từ 20% đến 50% tổng lượng nguyên liệu nhập khẩu (tùy mặt hàng). Do vậy, quy định tỷ lệ 3% cho tổng lượng nguyên liệu, vật tư thực nhập khẩu (để được miễn thuế NK) áp dụng đối với cả phế liệu, phụ phẩm của ngành thủy sản là không phù hợp với thực tiễn do tỷ lệ này không thực tế.
Ngoài ra, tại khoản 5 Điều 64, Thông tư 38/2015/TT-BTC (TT38) ngày 25/3/3015 về thủ tục Hải quan; kiểm tra, giám sát Hải quan; thuế XK, thuế NK và quản lý thuế đối với hàng hoá XK, NK (sau đây gọi tắt là Thông tư 38) quy định như sau: ”Đối với nguyên liệu, vật tư dư thừa đã nhập khẩu để gia công không quá 3% tổng lượng nguyên liệu, vật tư thực nhập khẩu thì khi bán, tiêu thụ nội địa không phải làm thủ tục hải quan chuyển đổi mục đích sử dụng nhưng phải kê khai nộp thuế với cơ quan thuế nội địa theo quy định của pháp luật về thuế”. Như vậy, theo TT38 thì giới hạn 3% tổng lượng nguyên liệu, vật tư thực nhập khẩu chỉ áp dụng đối với các nguyên liệu, vật tư dư thừa, không bao gồm cả phế phẩm, phế liệu như đã đề cập tại CV 2767.
Còn tại Khoản 4 Điều 10 Nghị định 134/2016/NĐ-CP ngày 1/9/2016 quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật thuế XK, thuế NK quy định: ”Phế liệu, phế phẩm và nguyên liệu, vật tư dư thừa đã nhập khẩu để gia công không quá 3% tổng lượng của từng nguyên liệu, vật tư thực nhập khẩu theo hợp đồng gia công được miễn thuế nhập khẩu khi tiêu thụ nội địa, nhưng phải kê khai nộp thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường (nếu có) cho cơ quan hải quan”. Với quy định tại điều khoản này, các DN thủy sản hiểu rằng “không quá 3%” là chỉ áp dụng cho “nguyên liệu, vật tư dư thừa đã nhập khẩu để gia công”, không áp dụng “phế liệu, phế phẩm”.
VASEP kiến nghị Tổng cục Hải quan rà soát và có văn bản đề nghị Bộ Tài chính hướng dẫn chi tiết Khoản 4 Điều 10 Nghị định 134 về "Miễn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để gia công, sản phẩm gia công xuất khẩu” cho phù hợp với thực tế, theo đó tỷ lệ 3% nguyên liệu, vật tư dư thừa (đã nhập khẩu để gia công) để được miễn thuế không bao gồm phế liệu, phế phẩm.
Trước mắt, VASEP đề nghị Tổng cục có văn bản hướng dẫn gửi các Cục Hải quan các tỉnh thành để việc áp dụng CV2767 nói trên đối với các nguyên liệu thủy sản NK cho gia công chỉ gồm lượng nguyên liệu, vật tư dư thừa, không bao gồm phế liệu, phế phẩm.
